Родился в Москве 12 апреля 1959 года.
В раннем возрасте стал сочинять, но профессионально занялся литературой с двадцати лет. Проучившись четыре года в Московском автодорожном институте, оставил учёбу.
В 1980 году поступил в Литературный институт (семинар А. Рекемчука), окончив его, учился здесь же в аспирантуре, занимаясь исторической публицистикой Николая Михайловича Карамзина. Опубликовал его трактат «О древней и новой России».
Доцент Литературного института, в котором преподаёт с 1998 года.

Печататься начал с 1986 года – журнал «Юность»,  рассказ «Деревяшка».
Александр Юрьевич — автор романов и повестей на современные темы: «Похоронный марш», «Страшный пассажир», «Тридцать три удовольствия», «Время Ч», «Русский ураган», «Заблудившийся БТР», «Гибель маркёра Кутузова», «Есенин».

Под влиянием знакомства со Львом Николаевичем Гумилёвым сочинил роман «Евпраксия и рыцарь Христа» и далее не раз обращался к написанию романов, действие которых разворачивается в разные исторические эпохи. Это романы «Древо Жизора», «Тамерлан», «Абуль-Аббас — любимый слон Карла Великого», «Державный. Государь Иван Третий», «Поющий король» о Ричарде Львиное Сердце, «Солнце земли Русской» об Александре Невском, «Поп» о священниках на оккупированной территории в годы Великой Отечественной войны, «Господа и товарищи» о событиях в Москве в октябре-ноябре 1917 года, повесть «Свет светлый» о митрополите Киевском и всея Руси Алексие, святителе и чудотворце Московском.
Для серии «Жизнь замечательных людей» написал книгу «Московский Златоуст» о святителе Филарете (Дроздове), митрополите Московском и Коломенском. Роман «Державный» был удостоен премии Московского Правительства.

Как публицист постоянно печатает статьи по русской истории и культуре, особое место в его творчестве занимает православная публицистика. За статьи о русской истории и православии удостоен премии имени Булгакова, за статьи о чеченской войне — премии Союза журналистов «Золотой гонг».

С 2008 года автор обратился к кинодраматургии, написав сценарий фильма на основе собственного романа «Поп», по которому режиссёр Владимир Хотиненко снял одноимённый художественный фильм. Написаны сценарии «Последняя осень патриарха», «Выстрелы в Донском монастыре», «Хождение за три пустыни», «Распахнутые окна».

Произведения автора переведены на английский, французский, немецкий, итальянский, испанский, венгерский, болгарский, китайский, арабский, польский, чешский, японский и другие языки.
С 2011 года Александр Сегень известен также как и автор оригинальных лимериков.

Лауреат премий:
Имени А.М. Горького и имени В.М. Шукшина – за роман «Похоронный марш»,
Московского правительства – за роман «Державный»,
Имени М.А. Булгакова – за серию статей о русской истории,
«Золотой гонг» – за серию статей о чеченской войне,
Большая литературная премия Союза писателей России – за роман «Русский ураган»,
Издательского совета Московской Патриархии «Просвещение через книгу» - за роман «Поп».
Гран-при Всероссийского фестиваля кино для детей и юношества "Золотой витязь" - за сценарий "Флавиан" по мотивам книг священника Александра Торика