Родился 13 января 1952 года в Тюменской области.
По окончании средней школы поступил на актерское отделение Свердловского театрального училища (1970), служил в армии в 1971-1973 годах.
Театральное училище окончил в 1976 году, в 1977-м поступил в Московский Литературный институт (семинар драматургии В. Розова и И. Вишневской). В 1982 году окончил Литературный институт с Золотой медалью.

Пьеса первокурсника Владимира Малягина была принята к постановке Московским театром "Современник" (постановщик Г. Волчек, режиссер М. Али-Хусейн). В спектакле были заняты Марина Неелова, Вацлав Дворжецкий, Михаил Жигалов и др. Премьера состоялась в декабре 1978 г. и получила большое зрительское признание.
Далее были написаны и поставлены пьесы "Утренняя жертва" (Московский областной театр Комедии, режиссёр С. Арцибашев; Чита, режиссёр М. Чумаченко), "Царство мира" (Чита, режиссёр. М. Чумаченко), "Птицы" (Брянский драмтеатр, режиссёр В. Федоров), "В тишине" (Театр на Покровке, режиссёр С. Арцибашев), "Отец Арсений" (Театр-88, режиссёр А. Поламишев, в главной роли – Вл. Заманский).
Член Союза Писателей СССР с 1990 года.

В 90-е годы были поставлены: радиоспектакль "В тишине" (на немецком языке, радио "Кёльн"), "Аввакум" (МХАТ им. Горького, режиссёр Н. Пеньков), "Жизнь и судьба" (Днепропетровский театр драмы), "Наполеон в Кремле" (МХАТ им. Горького, режиссёр Н. Пеньков).
В 2002 - 2009 годах состоялись премьеры спектаклей: "Ангел мой. Жизнь Федора Тютчева" (Брянский драматический театр), "Суд человеческий" (Датско-российский центр "Диалог", Копенгаген), "Карамазовы" (Театр им. Маяковского, режиссёр С. Арцибашев), "Мертвые души" (Театр им. Маяковского, режиссёр С. Арцибашев), "Повесть о том, как поссорились" (Театр им. Маяковского, режиссёр С.Арцибашев). Для МХАТа им. Горького написана пьеса "Есенин. Последние встречи".

Автором написано несколько детских повестей: "Первая исповедь", "Новые друзья", "Паломники", объединенные в цикл "Повести об Алеше". В 2003 г. "Повести об Алеше" были отмечены литературной премией им. С. Нилуса I степени. В библиографии автора множество критических и публицистических статей, которые в разные годы печатались в российской периодике.

С 1999 года Владимир Малягин является главным редактором издательства "Даниловский благовестник". За это время издательство стало одним из самых заметных в православном мире, неоднократно получали награды его книги - "Святитель-хирург", "Крест в России", "От сумы и тюрьмы", "Наука побеждать. За веру и отечество" и др.

Написано несколько киносценариев:
К/ф "Чужие" Юрия Грымова (2008), соавтор;
К/ф "На ощупь" (2010), автор.
Кроме того, в планах Студии "ЮГ" несколько оригинальных сценариев Владимира Малягина

В. Ю. Малягиным написано несколько детских повестей: «Первая исповедь», «Новые друзья», «Паломники», объединенные в цикл «Повести об Алеше». В 2003 г. «Повести об Алеше» были отмечены литературной премией им. С. Нилуса I степени. С 1999 года Владимир Малягин является главным редактором издательства «Даниловский благовестник». За это время издательство стало одним из самых заметных в православном мире.
Номинант патриаршей литературной премии 2011 г.
На соискание Патриаршей литературной премии выдвигается от журнала «Москва».
Библиография (основные произведения):
пьесы:
1. «Тихий Дон», пьеса по мотивам романа, 2014;
2. «Сталин. Часовщик», историческая драма, 2016;
3. «Драма и её автор», введение в теорию драмы, 2019.
проза:
4. Авторское участие в 40-томной серии «Великие святые». Написаны тома: 1, 3, 9, 12, 14, 21, 23, 27, 30, 35, 40.

Лауреат Патриаршей литературной премии